La commune se situe sur l'Île de Noirmoutier, au centre de l’île, la commune de La Guérinière a une surperficie de 781 hectares, 53 ares, 80 centiares.

La partie sud est constituée d'une longue plage de sable est mesure 6km800 tandis que la partie nord et le port du Bonhomme protégés de la mer par une digue de 3km800 donnent sur la baie de Bourgneuf. La Guérinière possède le seul boulevard de l’océan de l’île.

La plus petite largeur de la commune est de 800 m à la Tresson où une partie des terrains furent conquis sur la mer par Auguste Jacobsen.

La commune possède aussi le plus haut sommet de l’île, le Pé de l’Herse, 22 m, situé dans le Bois des Eloux. Il se serait formé par l’accumulation du sable lors de l’ouragan de 1810.
Les autres limites géographiques sont partagées avec les communes de Barbâtre au sud-est, L’Epine au nord-ouest et Noirmoutier en l’Ile au nord.

La commune est séparée en deux parties par la route venant du continent, l'une faite de dunes et de landes où sont installés le village et les habitations. L'autre la plus souvent située en dessous du niveau de la mer accueille des champs de pommes de terre et des marais salants.